正确答案 ：D

解析

题干逻辑关系：杂货店、百货公司、电子商城都是用来销售商品的，且出现的时间有先后顺序，三者为并列关系。
A项，玉石与水晶是不同的宝石，二者为并列关系，与宝石为种属关系，与题干逻辑关系不一致，排除；
B项，快餐店是一种餐馆，二者为种属关系，酒店可以不提供餐饮，功能也不一致，与题干逻辑关系不一致，排除；
C项，钢笔、铅笔、圆珠笔是并列关系，三者功能相同，都是用于写字的，但铅笔出现的年代最早，与题干逻辑关系不一致，排除；
D项，白炽灯、节能灯、LED灯是并列关系，三者功能相同，都是用于照明的，且随着科技的发展出现的年代越来越近，与题干逻辑关系一致，当选。
故本题答案为D项。