正确答案 ：A

解析

题干逻辑关系：孤本指某书仅有一份在世间流传的版本，是书籍的一种，二者为种属关系。
A项，正方形是特殊的长方形，二者为种属关系，与题干逻辑关系一致，当选；
B项，蔬菜种植在土地上，二者为对应关系，与题干逻辑关系不一致，排除；
C项，在实验室使用显微镜，二者为对应关系，与题干逻辑关系不一致，排除；
D项，并不是所有的礼物都是商品，有的礼物是商品，有的商品是礼物，二者为交叉关系，与题干逻辑关系不一致，排除。
故本题答案为A项。